最終更新日 2023年3月10日 by yotuki

Chem Searchは、化合物の集合に対し、特定の構造が含まれているかを検索するアプリです。

環境設定

Chem Searchをお使いいただくには、環境設定が必要です。KNIMEを起動し、追加のExtensionをインストールします。File>Install KNIME Extensionsをクリックします。

chemiで検索し、「KNIME Base Chemistry Types & Nodes」と「KNIME-CDK」を選択してインストールします。

次にrdkitで検索し、「RDKit Nodes Feature」を選択してインストールします。

インストール

次に、アプリをインストールします。Get AppsからChem Searchをダウンロードし、解凍してからインストールして下さい。Quark Appsタブ右端のMy Appsに登録されます。

使い方

検索対象とするデータをロードします。構造データとしてSMILESを含んでいる必要があります。

Chem Searchを起動します。

SMILESの列を指定し、必要ならID列と化合物名の列を指定します。そしてQuery SDFには、検索する構造データ（SDF）が入っているフォルダを指定します。フォルダには複数のSDFを入れておくことができます。この例では、1H-phrazoleとthiopheneの２つのSDFが入っています。準備ができたらRunします。

出力ファイル

処理が完了すると、Save Folderが開きますので、出力ファイルを開いて下さい。ロードした検索対象のうち、Query SDFで指定した構造を持った化合物がリストされています。検索結果はORで出力されます。つまり、SDFのうち、どれか一つが含まれていればリストにあがります。